Biotechnology
[AMBER] - The Amber Molecular Dynamics 본문
[주의 사항]
1. 위 포스팅은 타 블로그의 글을 가져와 재가공한 것임을 밝힙니다.
2. 위 포스팅은 개인적인 연구의 빠른 참조를 위한 것이고, 그 외의 목적은 없음을 밝힙니다.
1. Amber 란?
The Amber Molecular Dynamics Package
Welcome to Amber! Amber is a suite of biomolecular simulation programs. It began in the late 1970's, and is maintained by an active development community; see our history page and our contributors page for more information. The term "Amber" refers to two t
ambermd.org
Amber 는 생물학적 분자 시뮬레이션에 관한 프로그램 중 하나이고, 1970년 후반 때부터 계속 업데이트되고 있습니다.
2. Amber 설치 방법
- 압축 풀기
tar xf AmberTools[ver].tar.bz2
tar xf Amber[ver].tar.bz2- 환경변수 설정 (위치는 다를 수 있음) > ~/.bashrc 에 다음 항목 추가를 추천
export AMBERHOME=/opt/amber18- 필요한 라이브러리 다운로드
sudo apt-get install bc csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch- configure 스크립트 실행
cd $AMBERHOME
./configure gnu- 환경변수 설정 > ~/.bashrc 에 다음 항목 추가를 추천
source $AMBERHOME/amber.sh- 기본 버전 설치 (CPU)
make install- GPU를 위한 CUDA HOME 변수 설정 (버전을 다를 수 있음) > ~/.bashrc 에 다음 항목 추가를 추천
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-10.1- GPU 버전 설치
cd $AMBERHOME
make clean
./configure -cuda gnu
make install
3. Amber Tutorial
Amber Tutorials
ambermd.org
참조 혹은 추천 사이트: